京师大学堂在其存在期间设立了多个学馆，具体包括：

进士馆：

成立于1902年。

译学馆：

成立于1902年。

医学实业馆：

成立于1902年。

仕学馆：

成立于1902年，是师范馆的前身之一。

师范馆：

成立于1902年，后成为北京师范大学的前身。

预备科：

成立于1902年，分为政科及艺科。

因此，京师大学堂至少设立了 六个学馆。