截至2024年，南京林业大学设有 23个学院（部），包括林草学院、水土保持学院、材料科学与工程学院、化学工程学院、机械电子工程学院、土木工程学院、经济管理学院、人文社会科学学院、信息科学技术学院、人工智能学院、风景园林学院、理学院、外国语学院、艺术设计学院、家居与工业设计学院、轻工与食品学院、汽车与交通工程学院、生态与环境学院、马克思主义学院、生命科学学院、继续教育学院（应用技术学院）、国际教育学院、体育教育部等。

此外，南京林业大学还有7个博士后流动站、7个博士学位授权一级学科、26个硕士学位授权一级学科和19个硕士专业学位授权类别。

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