北航士嘉书院的专业设置如下：

材料科学与工程学院

能源与动力工程学院

航空科学与工程学院

机械工程及自动化学院

生物与医学工程学院

交通科学与工程学院

可靠性与系统工程学院

宇航学院

飞行学院

这些专业均属于航空航天大类，学生在大一学年后可以根据自身兴趣和职业规划选择相应的专业学院进行深入学习。