东南大学跑操的及格次数为 45次。每个学期内，学生必须至少完成45次跑操，跑操时间段为早上6:00至晚上22:00。跑操采用微信小程序进行考勤，以人脸识别和跑操距离为依据。

具体加分政策如下：

达到45次者，体育总成绩加2分。

达到50次者，体育总成绩加2分。

达到55次者，体育总成绩加3分。

达到60次者，体育总成绩加4分。

达到65次及以上者，体育总成绩加5分。

因此，学生在一、二年级的每个学期内必须至少跑操45次才能及格，否则会影响体育课成绩和可能的重修。