广西医科大学共有 16个系，分别是：

1. 第一临床医学院

2. 第二临床医学院

3. 肿瘤医学院

4. 口腔医学院

5. 基础医学院

6. 公共卫生学院

7. 护理学院

8. 药学院

9. 国际教育学院

10. 继续教育学院

11. 人文社会科学学院

12. 外国语学院

13. 全科医学院

14. 信息与管理学院

15. 高等职业技术学院

16. 体育部。