东莞理工学院的王牌专业排名如下：

软件工程 （含教育部卓越计划班，含教育部"卓越工程师计划”试点专业）：投档线为557分。

计算机类（含计算机科学与技术、数据科学与大数据技术专业，第四学期开学前专业分流）：投档线为552分。

电子信息工程（含教育部卓越计划班，含教育部"卓越工程师计划”试点专业）：投档线为551分。

微电子科学与工程：

投档线为546分。

知识产权：

投档线为524分。

应用化学（含教育部卓越计划班，教育部"卓越工程师计划"试点专业）：投档线为523分。

材料类（含金属材料工程、材料科学与工程、高分子材料与工程专业，第三学期开学前专业分流）：投档线为509分。

环境工程（含卓越计划班）：投档线为506分。

此外，东莞理工学院的其他王牌专业还包括：

机械设计制造及其自动化。

计算机科学与技术。

环境工程。

工商管理学。

建议：

如果考虑专业投档线，软件工程、计算机类和电子信息工程是投档线最高的专业，可以作为重点考虑。

如果考虑专业建设点和荣誉，计算机科学与技术、机械设计制造及其自动化、环境工程、工商管理等专业也是王牌专业，具有较高的教学水平和研究实力。