启东市的高等教育机构包括南通大学启东校区和启东开放大学。

南通大学启东校区：

位于江苏省南通市启东市，是南通大学的一个分校区。校区以本科教育为主，设有杏林学院，包含43个专业，现有在校生约8864人。

启东开放大学：

属于江苏开放大学办学系统，是启东地区唯一的公办地方成人高校，提供本专科学历教育和职业能力培训。

综上所述，启东市至少有两所大学。