北京大学在其发展过程中，至少与两所大学进行了合并。具体情况如下：

国立清华大学和私立南开大学：

1937年，北京大学迁至长沙，与国立清华大学和私立南开大学组成国立长沙临时大学。1938年，该校更名为国立西南联合大学。1946年，三校返回北平，北京大学恢复原名。

原北京医科大学：

2000年，北京大学与原北京医科大学合并，组建为新的北京大学。

因此，北京大学至少合并了 两所大学，分别是国立清华大学和私立南开大学，以及原北京医科大学。