杭州至少有四所大学合并过。

浙江大学：

是由原浙江大学、杭州大学、浙江农业大学和浙江医科大学四所高校于1998年9月合并组建而成的。

杭州大学：

在1998年浙江大学四校合并之前存在，后并入浙江大学。

浙江农业大学：

同样在1998年浙江大学四校合并之前存在，后并入浙江大学。

浙江医科大学：

也是在1998年浙江大学四校合并之前存在，后并入浙江大学。

因此，杭州至少有四所大学合并过，最终形成了现在的浙江大学。