南京农业大学周边的二手房首付金额如下：

卫岗·南农大小区，1室1厅1卫·41平米，总价约102万，单价24878元/平米，该房源未满五年，但近公园、近地铁，首付需要10万+。

卫岗·南农大小区，2室1厅1卫·50.2平米，总价未提供，但位于美林苑二十八所旁中楼层，首付也需要10万+。

建议根据个人实际情况和贷款政策选择合适的房源和首付比例。