截至2025年，日本长崎县至少有一所国立大学，即长崎大学。此外，长崎县还有一所公立大学，即长崎县立大学。除了这两所大学外，长崎县还有多所私立大学，包括活水女子大学、长崎卫斯理公会大学、长崎外国语大学、长崎国际大学、长崎纯心大学和长崎综合科学大学。

因此，日本长崎至少有一所国立大学（长崎大学）和一所公立大学（长崎县立大学），以及至少六所私立大学（活水女子大学、长崎卫斯理公会大学、长崎外国语大学、长崎国际大学、长崎纯心大学和长崎综合科学大学）。