南通大学的奖学金设置情况如下：

国家奖学金 ：8000元/人。

国家励志奖学金：

5000元/人。

国家助学金：

一档4300元/人，二档3300元/人，三档2300元/人。

校内奖学金

优秀学生奖学金：一等奖1500元/年，二等奖800元/年，三等奖300元/年。

单项奖学金：

100元/年。

技能赛奖学金：

最高20000元/年。

困难补助：

临时困难补助一次性发放2000元，一学年不超过4000元。

研究生奖学金

硕士研究生学业奖学金：生均8600元/学年，一等奖、二等奖、三等奖获奖比例分别可达20%、50%、30%。

入学当年奖学金：最高可分别达到4.2万元、3.2万元。

第二、三学年奖学金：最高可分别达到5万元、3.4万元。

国家助学金：博士生1.35万元/年，硕士生0.6万元/年。

综上所述，南通大学奖学金中最高的是 技能赛奖学金，最高奖励为20000元/年。