南阳历史上至少错过了三所重要的大学：

中国科学技术大学：

中科大原计划迁至河南南阳，但最终选择了安徽合肥。当时南阳因为粮食不足等原因未能成为中科大所在地。

中国地质大学：

在考虑扩展或迁移时，南阳也曾是潜在的选项之一，但最终未能成为该校的所在地。

中国矿业大学：

这所大学在考虑迁移时，南阳也是备选地之一，但最终未能成为该校的所在地。

此外，虽然二汽（现东风汽车公司）的建设并非南阳直接错过，但有观点认为南阳因未能选择二汽而错失了相关的发展机会。

综上所述，南阳至少错过了三所重要的大学，并且可能因未能选择二汽而错失了更多的发展机会。