小高考（合格考）不通过的主要后果包括：

无法获得高中毕业证书：

如果小高考及补考均不及格，考生将无法取得高中毕业证书。

影响专科学校的报考：

某些专科学校可能会对小高考成绩有特定要求，若不合格则无法报考。

影响选择性考试和春季高考录取：

小高考的成绩会影响到选择性考试（如等级考）和春季高考的录取。

无法参加等级考：

在江苏等新高考省份，小高考不通过的考生将无法参加等级考，进而影响高考成绩和志愿填报。

影响院校特殊类型招生：

部分高校的特殊类型招生（如单招、强基计划、综合评价招生等）对小高考成绩有要求，不合格者无法报名。

尽管小高考本身不影响学生参加高考及高考录取，但上述后果仍需引起重视。建议学生认真对待小高考，确保顺利通过，以免影响未来的升学和职业发展。