南通大学设有多个学院，以下是部分院系设置的信息：

文学院（楚辞研究中心）

理学院

政治学院

管理学院（商学院）

商学院

杏林学院

教育科学学院

外国语学院

化学化工学院

生命科学学院

机械工程学院

电子信息学院

电气工程学院

计算机科学与技术学院

建筑工程学院

纺织服装学院

医学院

公共卫生学院

体育科学学院

微电子学院（集成电路学院）

交通与土木工程学院（交通学院）

马克思主义学院（南通廉政研究中心、江苏省中国特色社会主义理论体系研究中心南通大学基地挂靠）

经济与管理学院（与江苏长江经济带研究院合署）

教师教育学院（教师教育管理处合署）

国际教育学院

继续教育学院

艺术学院（建筑学院）

地理科学学院

交通学院

药学院

31. 神经科学系

32. 航海医学系

请注意，以上信息可能会有所变动，建议以南通大学官网或最新公布的信息为准。