物流工程专业最好的大学包括：

武汉理工大学：

全国并列第二，物流工程专业是国家特色专业。

北京交通大学：

全国并列第二，物流工程专业实力雄厚，就业前景广阔。

重庆大学：

全国并列第二。

吉林大学：

全国并列第二。

天津大学：

全国并列第二，物流工程专业是国家级一流本科专业。

大连理工大学：

物流工程专业很好，就业有优势。

南开大学：

物流工程专业很好，就业前景广阔。

西南交通大学：

物流工程专业入选国家级一流本科专业。

北京物资学院：

物流工程专业入选国家级一流本科专业，毕业生就业率达97%。

上海交通大学：

物流工程专业入选国家级一流本科专业。

清华大学：

物流工程是工业工程系的一个研究分支，本科阶段以“工业工程”专业招生。

建议根据个人兴趣、地理位置、就业前景等因素，综合考虑这些学校的物流工程专业。