截至2024年，南京审计大学设有至少14个教学系部，包括审计学系、国际审计系、财政学系、会计学系、经济学系、管理学系、金融学系、计算机科学与技术系、法学系、外语系、对外汉语系、应用数学系和人文社科部、体育教学部等。此外，南京审计大学还设有多个学院，如会计与审计学院、金融学院、经济与贸易学院、工商管理学院、公共经济学院、管理科学与工程学院、法学院文学院、理学院、工学院、国际商学院等，涵盖了更多的专业方向。