1999年，中国共有 39所大学被认定为首批“985工程”大学。这些大学包括：

1. 清华大学

2. 北京大学

3. 复旦大学

4. 上海交通大学

5. 哈尔滨工业大学

6. 南京大学

7. 浙江大学

8. 中国科学技术大学

9. 西安交通大学

此外，1999年还有其他一些一本院校，例如南开大学、天津大学等。

建议：

如果需要更详细的信息，可以进一步查阅当时的官方文件或相关的历史资料。

对于想要了解特定省份或地区的大学情况，可以进一步查找相关的历史数据。