南京工业大学最牛的专业包括：

化学工程与工艺：

该专业是南京工业大学的王牌专业之一，也是国家级特色专业。它培养具备化工生产过程设计、优化与管理能力的高素质人才，就业率常年偏高。

材料科学与工程：

这是南京工业大学的传统优势专业，研究方向涵盖金属材料、无机非金属材料、高分子材料等。随着新材料产业的崛起，该专业毕业生成为各大企业的抢手人才。

电气工程及其自动化：

该专业是南京工业大学的热门工科专业，研究方向涵盖电力系统、自动化控制、智能制造等。随着工业4.0时代的到来，该专业毕业生成为智能制造领域的核心力量。

此外，其他一些被评为国家级一流本科专业和建设点的专业，如过程装备与控制工程、无机非金属材料工程、土木工程、建筑环境与能源应用工程、测绘工程、制药工程、建筑学、安全工程等，也可以被认为是南京工业大学的最牛专业。

综合来看，化学工程与工艺、材料科学与工程和电气工程及其自动化是南京工业大学最牛的专业，这些专业在就业前景、学科评估和国家级荣誉等方面均表现优异。建议考生在报考时优先考虑这些专业。