菏泽医学专科学校的一些王牌专业和优势专业包括：

临床医学：

该专业为全国首批职业院校健康服务类专业示范点，同时也是中央财政支持重点建设专业。

护理学：

作为中央财政支持的重点建设专业，护理学专业在教学质量和专业水平上都有较高评价。

药学：

作为全国《高等职业教育创新发展行动计划》项目中的骨干专业，药学在医药领域具有重要地位。

医学检验技术：

此专业被认定为重点建设专业，并在实践中具有广泛的应用。

助产：

作为省级特色专业之一，助产专业在培养医疗人才方面有着自己的特色和优势。

根据以上信息，可以认为菏泽医学专科学校最好的专业包括临床医学、护理学、药学、医学检验技术和助产。这些专业在教学质量和专业水平上都有较高评价，并且在各自领域内具有重要地位。