国立西北联合大学在其存在期间，全校共设 6个学院。具体学院设置如下：

文理学院

法商学院

医学院

师范学院

工学院

农学院

这些学院在1938年4月设立，并在随后的时间里，部分学院独立为其他院校。例如，1939年8月，西北联合大学分为国立西北大学、国立西北工学院、国立西北农学院、国立西北医学院、国立西北师范学院五所院校。