截至2024年，哈尔滨工程大学的在校生总数约为 5万余人，其中包括全日制本科生和研究生。具体数据如下：

1. 在哈尔滨校区，全日制本科生和研究生共计约5万人，其中研究生人数占比不大。

2. 在威海校区，研究生、本科生和其他类别学生共计约1万人左右。

3. 深圳校区是刚成立的，目前研究生人数仍较少，具体数据需要进一步确认。

因此，综合各个校区的数据，哈尔滨工程大学的在校生总数约为5万余人。