国内软件工程专业最好的大学包括：

北京航空航天大学：

在教育部第四轮学科评估中被评为A+，综合教学实力全国第一，以工科实验班（信息类）大类名称招生。

浙江大学：

同样被评为A+，拥有完善的课程体系和优秀的科研团队，注重培养学生的创新能力和实践能力。

国防科技大学：

被评为A+，软件工程专业的综合教学实力与北航和浙大并列全国第一。

北京大学：

软件工程专业依托其强大的计算机科学基础，注重理论与实践相结合，培养了大量优秀的软件工程人才。

清华大学：

在多个软件工程专业排名中都位列第一，拥有雄厚的师资力量和先进的教学设施，科研成果丰硕，毕业生就业前景广阔。

华东师范大学：

在软科排名中位列第一，软件工程专业注重培养学生的创新思维和工程实践能力。

南京大学：

软件工程专业注重理论与实践的结合，拥有多个国家级科研项目和实验室，为学生提供了良好的学习和科研环境。

武汉大学：

软件工程学科被教育部评为A，办学水平较高。

上海交通大学：

软件工程专业拥有高水平的师资队伍和科研平台，注重培养学生的创新思维和工程实践能力。

哈尔滨工业大学：

软件工程学科实力雄厚，竞争相对较小，录取比例较高，注重与国际接轨。

这些学校在国内软件工程领域具有很高的声誉和影响力，但具体选择哪所学校还需根据个人的需求和偏好，例如地理位置、专业方向、学术兴趣、就业前景等因素进行综合考虑。