妹妹上大学封红包的金额并没有一个固定的标准，主要取决于多个因素，包括家庭经济状况、个人意愿以及地区习俗等。以下是一些具体的建议：

经济条件

如果经济条件较好，可以给予相对较大的红包，如3000元或更多。

如果经济条件一般，1000元也是一个合适的选择。

如果经济条件有限，500元或稍少一些的金额也是可以的，妹妹通常不会因此责怪。

个人意愿

如果与妹妹关系非常亲密，且希望表达更多的祝福和心意，可以选择一个对自己和妹妹都有意义的金额。

如果希望红包金额简单明了，不追求过高的金额，也可以选择较小的金额，只要心意到即可。

地区习俗

不同地区的习俗有所不同，有些地区可能习惯给予较大的红包，而有些地区则较为保守。了解并尊重当地的习俗，可以让红包更加得体。

其他形式

除了红包，还可以考虑其他形式的祝贺，如送礼物、一起旅游或参加庆祝活动，这些都能增加祝贺的诚意和意义。

综上所述，给妹妹封红包的金额应根据实际情况和妹妹的需求来决定，最重要的是表达出对妹妹的祝福和心意。