农村专业合作社在推动农业现代化和促进农民增收方面发挥了重要作用，但同时也存在一些弊端，主要包括：

自身能力不足

成立门槛低，发展不求质量：许多合作社成立时缺乏长远规划，仅为了获取国家补贴或支持。

管理和业务指导部门重数量轻质量：过分追求合作社数量而忽视质量，导致合作社管理水平参差不齐。

自身能力弱：农民专业合作社基础薄弱，入社农户的生产要素少，生产方式和经营方式难以有效改变，普遍存在缺资问题。

运营成本高

成本分担不均：合作社的运营成本通常由农民承担，可能导致部分农民负担过重。

决策和利益分配不公平：部分农民可能获得更多利益，而其他农民受益较少，引发内部矛盾。

规模和范围有限

规模偏小，质量不高：合作社规模普遍较小，服务领域狭窄，难以满足所有农民的需求。

品牌意识不强：许多合作社缺乏品牌保护和推广，产品知名度和美誉度不高。

管理不规范

缺乏科学管理：合作社缺乏科学的管理制度和规范的管理流程，成员参与度和忠诚度不高。

人才短缺：合作社成员文化素质相对较低，缺乏专业的知识和技能，制约了合作社的创新和发展。

资金不足

资金来源单一：合作社的资金主要来源于成员的股金和政府扶持资金，难以获得银行贷款等资金支持。

融资渠道有限：缺乏有效的融资渠道和信贷支持，制约了合作社的扩大和发展。

农产品质量安全问题

生产过程不规范：一些合作社在生产过程中存在农药残留超标、违规使用添加剂等问题，影响产品质量和消费者健康。

政府关系问题

政府干预过多或缺乏支持：合作社与政府的关系处理不当，可能导致政府干预过多或支持不足。

内部治理问题

大户主导的内生性：合作社内部治理结构不完善，非核心社员权益难以保障，激励不足，风险收益不对等。

综上所述，农村专业合作社在发展过程中需要解决自身能力不足、运营成本高、规模和范围有限、管理不规范、资金不足、农产品质量安全问题以及政府关系问题等多方面的弊端，以实现健康、快速、持续的发展。