南京最好的大学排名如下：

南京大学：

在全国高校中排名第5名，是南京市最好的大学。

东南大学：

在全国高校中排名第17名。

南京航空航天大学：

在全国高校中排名第36名。

南京理工大学：

在全国高校中排名第37名。

河海大学：

在全国高校中排名较高，但具体名次未提及。

南京农业大学：

在全国高校中排名较高，但具体名次未提及。

南京师范大学：

在全国高校中排名较高，但具体名次未提及。

南京工业大学：

在全国高校中排名较高，但具体名次未提及。

中国药科大学：

在全国高校中排名较高，但具体名次未提及。

建议：

南京大学无疑是最顶尖的大学，无论是从全国排名还是学科评估来看，其地位都非常稳固。

东南大学、 南京航空航天大学和 南京理工大学也是南京市非常优秀的大学，排名靠前，各自在特定领域有很强的实力。

其他如 河海大学、 南京农业大学、 南京师范大学、 南京工业大学和 中国药科大学等也是值得考虑的高等学府，具体选择可以根据个人兴趣和职业规划来决定。