轨道交通专业最好的学校包括以下几所：

西南交通大学：

位于成都，创建于1896年，是中国第一所工程高等学府，以工科为主，多学科协调发展。该校是“211工程”和“特色985工程”重点建设高校，交通运输工程学科位居全国第一。

北京交通大学：

位于北京，是教育部直属高校，由教育部、中国铁路总公司、北京市共建。该校是全国首批博士、硕士学位授予高校，是“211工程”和“985工程优势学科创新平台”项目重点建设高校。

同济大学：

位于上海，是“985工程”和“211工程”重点建设高校，拥有丰富的轨道交通工程专业课程和实践教学。该校已建成国内第一个“地面交通工具风洞中心”和国内第一个“城市轨道交通综合试验平台”。

中南大学：

位于长沙，是教育部直属的综合性全国重点大学，由教育部、工业和信息化部、湖南省政府部省三方重点共建。该校在轨道交通领域有广泛的研究和应用。

东南大学：

位于南京，是国家“双一流”、“985工程”、“211工程”重点建设高校，拥有丰富的轨道交通工程专业课程和实践教学。

这些学校在轨道交通专业的教学和研究方面都有较高的声誉和成就，毕业生在各大城市的轨道交通系统中有广泛的分布。建议根据个人兴趣、学术目标和地理位置等因素，选择最适合自己的学校。