东南大学截至2024年4月， 设有36个院系，开设90个本科专业。这些院系涵盖了广泛的学科领域，包括工程、理学、工学、医学、管理学、经济学、人文学科等。具体院系设置如下：

1. 建筑学院

2. 机械工程学院

3. 能源与环境学院

4. 信息科学与工程学院

5. 土木工程学院

6. 电子科学与工程学院

7. 数学学院

8. 自动化学院

9. 计算机科学与工程学院

10. 物理学院

11. 生物科学与医学工程学院

12. 材料科学与工程学院

13. 人文学院

14. 经济管理学院

15. 电气工程学院

16. 外国语学院

17. 化学化工学院

18. 交通学院

19. 仪器科学与工程学院

20. 艺术学院

21. 法学院

22. 学习科学研究中心

23. 生命科学研究院

24. 公共卫生学院

25. 医学院

26. 吴健雄学院

27. 软件学院

28. 集成电路学院

29. 马克思主义学院

30. 网络空间安全学院

31. 人工智能学院

32. 生命科学与技术学院

33. 国家卓越工程师学院

34. 未来技术学院

35. 海外教育学院

36. 微电子学院

37. 雷恩研究生学院

38. 蒙纳士大学苏州联合研究生院

这些院系和学科设置使得东南大学在多个领域都具有很强的学术实力和影响力。