新疆南疆地区包括巴音郭楞蒙古自治州、阿克苏地区、喀什地区、克孜勒苏柯尔克孜自治州和和田地区，这些地区共有以下本科大学：

新疆科技学院- 位于库尔勒市，是自治区人民政府举办的省属普通高等学校，也是国家级产教融合试点。

新疆理工学院- 位于阿克苏地区。

喀什大学- 位于喀什地区，是一所历史悠久、学科门类齐全、办学特色鲜明的现代化综合性大学。

新疆和田学院- 位于和田地区，为当地提供本科教育。

新疆天山职业技术大学（克州校区）- 位于克孜勒苏柯尔克孜自治州，提供职业技术教育。

此外，塔里木大学也位于南疆地区的阿拉尔市，是一所多民族、多学科、多形式的综合性、应用型现代化大学，也是国家“双一流”建设高校和自治区与教育部“部区合建”高校。

综上所述，新疆南疆地区共有5所本科大学。