种子科学与工程专业最好的学校排名如下：

中国农业大学

中国农业大学在全国种子科学与工程专业大学排名中位居第一位，且该专业被评为A等级。

南京农业大学

南京农业大学在全国种子科学与工程专业大学排名中位居第二位，该专业同样被评为A等级。

西北农林科技大学

西北农林科技大学在全国种子科学与工程专业大学排名中位居第三位，该专业被评为A等级。

扬州大学

扬州大学在全国种子科学与工程专业大学排名中位居第二位。

四川农业大学

四川农业大学在全国种子科学与工程专业大学排名中位居第四位。

山东农业大学

山东农业大学在全国种子科学与工程专业大学排名中位居第五位。

安徽农业大学

安徽农业大学在种子科学与工程专业中被评为B+等级。

新疆农业大学

新疆农业大学在种子科学与工程专业中被评为B+等级。

内蒙古农业大学

内蒙古农业大学在种子科学与工程专业中被评为B等级。

河西学院

河西学院在种子科学与工程专业中被评为B等级。

这些排名综合了不同评价体系和时间点的数据，建议学生在选择学校时，可以综合考虑学校的排名、专业档次以及自身的兴趣和职业规划。