截至2024年，中国科学院直属的高校有四所，分别是：

1.  中国科学技术大学，位于安徽省合肥市，是中国科学院直属的一所以前沿科学和高新技术为主的全国重点大学。

2.  中国科学院大学，位于北京市，是一所创新性大学，研究生教育是主体。

3.  上海科技大学，由上海市政府和中科院共同创办，是一所理工科为主的高校。

4.  中国科学院深圳理工大学，是深圳市与中国科学院合作创办的一所新型高等学府。

因此，中国科学院系统内共有 至少四所大学。