上智大学本科学费一年合计约为 1,272,650日元，折合人民币约为 76,359元。其中，入学金为 270,000日元，学费为 390,000日元，教育充实费为 125,000日元，学生教育研究灾害伤害保险费为 2,650日元。

上智大学大学院（研究生）学费一年合计约为 946,000日元，折合人民币约为 56,760元。其中，博士前期（文科系研究科除心理学专业）入学金为 200,000日元，学费为 480,000至510,000日元；博士后期（文科系研究科除心理学专业）入学金为 200,000日元，学费为 451,000至481,000日元；理工学研究科入学金为 200,000日元，学费为 946,000至501,000日元。

此外，上智大学还提供新生奖学金和生活支援奖学金，以帮助有经济困难的学生。