日本在攻占北平期间，对高等学校进行了破坏和占领。据历史记录，北平在抗战爆发前夕共有专科以上院校23所，其中包括国立大学、学院5所和教会及私立大学、学院10所。然而，日本侵略军对北平的高等教育机构造成了严重破坏，许多学校被迫关闭或被迫迁移。

具体到被日本占领的大学数量，有记录显示至少11所大学在北平沦陷后被日本占领或控制，包括：

1. 北京大学

2. 清华大学

3. 北平师范大学

4. 北平大学

5. 北平铁道管理学院

6. 中法大学

7. 燕京大学

8. 辅仁大学

9. 中国学院

10. 朝阳学院

11. 华北文法学院

这些大学在抗日战争期间受到了不同程度的破坏和影响，部分学校的教学和研究活动被迫中断。