南通大学2022年研究生招生人数为 1800人，2023年实际招收硕士研究生1857名。2025年南通大学全日制学术学位研究生学费为8000元/年·生，全日制专业学位研究生学费为10000元/年·生，艺术硕士学费为15000元/年·生，会计（MPAcc）学费为22000元/年·生，非全日制公共管理硕士（MPA）学费为25000元/年·生､社会工作25000元/年·生､工程管理25000元/年·生。