耗资90亿的大学至少包括以下几所：

1.  武汉大学，经费达到了98.59亿。

2.  四川大学，经费达到了98.55亿。

3.  吉林大学，经费达到了95.31亿。

4.  同济大学，经费达到了94.95亿。

5.  空军军医大学，整体搬迁计划的投资额为90亿元。

6.  川北医学院，新校区的建设总投资为40亿元。

综上所述，耗资90亿的大学共有 至少两所，即武汉大学、四川大学、吉林大学、同济大学，以及空军军医大学和川北医学院（虽然川北医学院的投资额为40亿元，但整体搬迁计划的投资额为90亿元）。