东南大学和南京大学都是国内著名的双一流高校，但它们在综合实力上存在一定差距。南京大学稳居全国前10名，而东南大学的综合实力稍逊于南京大学。具体排名方面，有资料显示南京大学在全国的排名比东南大学高10位，差距很小。

在学科建设方面，南京大学共有41个学科为C级及以上，包括3个a+、11个a-、7个a-、10个B+、5个B-、2个B-、2个C+、1个C+。而东南大学共有28个学科为C级及以上，包括5个a+、1个a、6个a-、9个B+、4个B、2个B-、1个C+。

从录取分数线来看，南京大学的投资额度较高。例如，2021年东南大学文科最低分为612分，理科最低分为646分；而南京大学文科最低分631分，理科最低分675分。

综上所述，虽然两所大学都是国内一流高校，但在综合实力、学科建设和录取分数线等方面，南京大学相对更为优秀。不过，东南大学在工科领域，尤其是建筑学、土木工程等方面具有较强实力。因此，考生在选择学校时，可以根据自己的兴趣和职业规划来综合考虑。