南京有多所大学进行了名称更改。根据可靠来源的信息，南京至少有以下大学进行了名称更改：

1. 南京审计学院改为南京审计大学；

2. 南京师范学院改为南京师范大学；

3. 南京农学院改为南京农业大学；

4. 南京林学院改为南京林业大学；

5. 南京医学院改名为南京医科大学；

6. 华东水利学院改名为河海大学；

7. 南京药学院改名为中国药科大学；

8. 东南大学，原名南京工学院；

9. 南京航空航天大学，原名为南京航空学院；

10. 南京理工大学，原名为华东工学院；

11. 解放军理工大学，原名为解放军工程兵工程学院；

12. 解放军国际关系学院，原名为解放军第二外语学院；

13. 南京财经大学，原名为南京经济管理干部学院；

14. 南京信息工程大学，前身南京气象学院；

15. 金陵科技学院，拟更名为“南京软件科技大学”。

综上所述，南京至少有 十七所大学进行了名称更改。这些更改可能是由于合并、升格、政策变化或其他原因。