根据2018年10月福建信息职业技术学院平潭校区的信息，福建信息职业技术学院海峡旅游学院和数字创意学院的1200名学生在国庆后入驻平潭校区，而建筑工程系与电子工程系的2800人将在2019年3月入驻，届时平潭校区的学生将达到4000人。福建信息职业技术学院计划在2019年9月实现全部院系整体性搬迁入驻平潭校区，届时平潭校区的学生将达到约9000人。

因此，可以推断出到2019年9月，平潭综合实验区的高校学生人数将达到 约9000人。