甘肃农业大学最好的专业主要包括以下几个：

草业科学：

这是甘肃农业大学的王牌专业，也是国家级特色专业，被教育部评为B+，并在农业科学领域排名全球前1%。

动物医学：

作为国家级特色专业，该专业在动物疾病防控和临床诊疗等方面具有较高的研究水平和实践能力。

农业机械化及其自动化：

该专业被评定为国家级一流本科专业，体现了学校在农业机械化领域的强大实力。

食品科学与工程：

作为国家级一流本科专业，该专业在食品加工、营养与健康等领域具有较高的研究水平。

农学：

同样是国家级一流本科专业，涵盖了作物栽培、育种等多个方向，具有深厚的学术积淀。

水土保持与荒漠化防治：

这个专业注重水资源的保护和合理利用，以及荒漠化防治技术的研究和应用，是甘肃农业大学的优势学科之一。

土地资源管理：

该专业涉及土地资源的规划、管理、保护和利用，是农业可持续发展的重要学科。

园艺：

虽然具体排名和声誉未详细列出，但园艺学也是甘肃农业大学的一个重要专业。

这些专业在教学和科研方面都有较高的水平和声誉，并且被认为是甘肃农业大学最好的专业。建议学生在选择专业时，可以根据自己的兴趣和职业规划，重点考虑这些专业。