中国知网论文查重系统覆盖了 90%以上的高校，包括大专本科院校和硕博研究生。具体来说，有数据显示95%的高校使用知网查重系统进行硕博研究生论文的查重，而90%以上的高校则覆盖了大专本科院校。此外，虽然有一部分高校使用其他查重系统，但知网查重仍然是国内最广泛使用的论文查重系统之一。

建议：

硕博研究生：建议优先使用知网查重系统，因为其文献库全面，查重结果较为准确。

本科毕业生：国内重点高校及大多数全日制高校通常使用知网查重系统，但也有部分高校使用其他系统，建议提前了解所在学校的具体要求。