山西农业大学最好的专业主要包括以下几个：

农学：

农学专业是山西农业大学的王牌专业之一，也是国家级特色专业建设点。该专业在教学、科研和社会服务方面都有很高的水平和声誉。

动物医学：

动物医学专业是山西农业大学的另一个王牌专业，国家级特色专业建设点。该专业培养具备扎实的动物医学专业知识和较强操作技能的高素质人才，就业前景良好。

植物保护：

植物保护专业也是山西农业大学的王牌专业，国家级特色专业建设点。主要课程包括生物化学、分子生物学、普通植物病理学等，就业前景广阔。

园艺：

园艺专业是国家级特色专业之一，具有很高的就业前景。

农业资源与环境：

该专业同样是国家级特色专业，就业前景广阔。

食品科学与工程：

食品科学与工程专业是山西农业大学的重点专业之一，国家级特色专业建设点。该专业在食品加工、质量安全等方面有着很高的研究和应用价值。

农业机械化及其自动化：

农业机械化及其自动化专业就业率为98.89%，是山西农业大学的高就业率专业之一。

林学：

林学专业是山西农业大学的王牌专业之一，国家级特色专业建设点。

草学：

草学是山西农业大学的省级重点学科，也是一个很强的专业。

畜牧学：

畜牧学也是山西农业大学的省级重点学科，具有很高的声誉。

综合考虑以上因素，山西农业大学最好的专业包括农学、动物医学、植物保护、园艺、农业资源与环境、食品科学与工程、农业机械化及其自动化、林学和草学等。这些专业不仅具有强大的学科实力，还与国家和社会的需求紧密相关，建议学生在选择专业时优先考虑这些专业。