90年代中国的大学数量经历了显著的增长。1990年以前，所有部委举办的直属高校一共有368所。到了90年代，中国兴起了一场大学改革运动，超过1000所高校进行了合并，约占半数的中央部委附属高校调整了隶属关系。因此，可以推断90年代中国的大学数量 超过1000所。

此外，虽然有一些资料提到90年代全国仅有一百多所一本大学，但这可能是在特定政策或统计口径下的数据，并不代表整个90年代的情况。实际上，随着高校扩招和合并，大学数量是显著增加的。

综上所述，90年代中国的大学数量超过1000所。