东南大学至少合并了以下大学：

原东南大学

南京铁道医学院

南京交通高等专科学校

南京地质学校

南京高等师范学校

河海工程学校

此外，如果以南京大学工学院部分院系为主体来计算，东南大学至少拆分出了以下大学：

西北工业大学

电子科技大学

河海大学

南京师范大学

南京农业大学

综上所述，东南大学至少合并了5所大学，并且可能拆分出了更多大学。