在中国，绝大多数本科院校与中国知网（CNKI）有合作关系。根据最近的数据，约99%的本科院校使用知网的服务。具体到大学数量，虽然不同来源的数据有所不同，但可以推断出有 超过3000所高等院校和科研机构与知网有合作关系。

以下是一些具体示例：

1. 北京地区：清华大学、中国人民大学、北京理工大学、北京师范大学、中国农业大学。

2. 其他地区的高校（部分示例）：江西财经大学、安徽徽商职业学院、中南大学。

3. 南京师范大学、武汉理工大学、北京大学、太原理工大学、集美大学等高校。

因此，可以肯定的是，绝大多数本科院校都与中国知网有合作关系，但具体数量可能因统计时间和方法的不同而有所差异。如果需要更详细的数据，建议直接咨询相关大学图书馆或相关部门。