南通大学目前共设有 20个学院。这些学院包括文学院、理学院、马克思主义学院、教育科学学院、教师教育学院、外国语学院、化学化工学院、机械工程学院、信息科学技术学院、交通与土木工程学院、体育科学学院、公共卫生学院、纺织服装学院、电气工程学院、生命科学学院、政治学院、商学院、杏林学院（独立学院）等。

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