选择药学专业的日本留学时，可以考虑以下几个方面：

研究方向

制药学：涉及医药品的开发、制造和药品安全性的研究。

医疗药学：侧重于在医院和药店里担任药剂师，学习药物的调剂、使用和管理。

卫生药学：从社会环境卫生角度研究化学物质的安全性。

生物药学：利用微生物或基因重组技术进行疫苗开发。

学制

药学：通常为学部6年，博士4年制课程。

药科学：学制通常为学部4年，修士2年，博士3年制。

院校推荐

东京大学：药学系研究科由药科学和药学两大专攻组成，细分为有机药科学、物理药科学、生物药科学、创药学、医疗药学和社会药学领域。

京都大学：药学研究科包含药科学、药学、创发医药科学3个专攻，涉及药品的成分、构造、功能到制药的有机化学、生命工学等知识。

兴趣和职业规划

兴趣优先：选择专业时，首先要考虑自己的兴趣和研究方向，选择自己感兴趣的领域会更有利于未来的学习和研究。

职业目标：如果希望成为药剂师或从事药物研发，药学专业是一个很好的选择。

语言要求

日语能力：虽然研究生阶段不需要提交日语能力证明，但具备一定的日语会话能力会极大提升留学生活的便利度。

英语要求：药学专业对英语的要求相对较高，尤其是在科研方面。

申请途径

研究生和修士博士直考：可以通过研究生和修士博士直考的方式进行申请，具体成功率与申请院校和所申请教授的推荐程度密切相关。

综上所述，选择药学专业的日本留学时，可以根据自己的兴趣、职业规划和语言能力来选择合适的研究方向和院校。建议提前了解各个大学的具体要求和招生情况，以便做出更明智的选择。