佳木斯大学共设有 26个学院（学部）。这些学院包括理学院、药学院、生命科学学院、外国语学院、信息电子技术学院、材料科学与工程学院、机械工程学院、经济管理学院、人文学院、体育学院、美术学院、音乐学院、商学院、建筑工程学院、医学院、基础医学院、留学生教育学院、旅游管理学院、公共卫生学院、检验医学院、护理学院、教育科学学院、警官职业学院、临床医学院（第一附属医院）、口腔医学院（第二附属医院）、康复医学院（第三附属医院）等。