基因工程专业的大学排名如下：

北京大学

清华大学

上海交通大学

中国农业大学

南京大学

复旦大学

中国科学技术大学

华中科技大学

浙江大学

华南理工大学

华东理工大学

江南大学

北京化工大学

南开大学

这些排名基于学术声誉、教育质量、师资力量、科研成果和学生竞争力等因素进行评估。请注意，排名可能会根据不同的评估标准和时间有所变化。建议您根据自己的兴趣和目标进一步了解这些学校的专业实力、师资力量、科研成果和就业前景。