重庆交通大学的王牌专业排名如下：

土木工程

港口航道与海岸工程

水利水电工程

工程管理

工程造价

建筑学

交通工程

电气工程及其自动化

机械设计制造及其自动化

船舶与海洋工程

计算机科学与技术

电子信息工程

物流管理

数学与应用数学

通信工程

这些专业在各自的领域内具有较高的声誉和影响力，并且拥有博士授权点和科研流动站，在科研和实际应用方面取得了显著成就。