根据教育部学位与研究生教育发展中心发布的第四轮软件工程专业学科评估结果，全国软件工程专业排名前三的大学分别是：

1. 北京航空航天大学

2. 浙江大学

3. 国防科技大学

此外，其他在软件工程专业考研中表现突出的高校包括：

1. 清华大学

2. 南京大学

3. 哈尔滨工业大学

4. 东南大学

5. 电子科技大学

6. 武汉大学

7. 天津大学

8. 东北大学

9. 同济大学

10. 上海交通大学

这些排名综合考虑了学校的学科实力、教学质量和科研能力等因素。建议考生在选择报考学校时，可以综合考虑自己的兴趣、学术背景和职业规划，结合各学校的具体情况和排名，做出最适合自己的选择。